Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究

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生信具体问题

我有一些微生物的分泌蛋白（这些蛋白功能大概率是未知的），我想要知道，如何去用纯生信的方法去预测这些蛋白是否会与肠道表皮的细胞膜受体蛋白结合产生一些反应。我不太了解该怎么去做？

目前的想法是将相关肠道细胞的膜蛋白受体与这些蛋白做Protein-Protein Docking分析，我不了解具体的流程以及有哪些较为主流的方法。

希望大家能提一出些建议或者推荐一些相关文献。

谢谢！！

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-27 20:55

你的问题非常具体，想要通过纯生信的方法预测微生物分泌蛋白与肠道细胞膜受体蛋白的结合反应。下面我会给你一些建议和相关文献推荐。 Protein-Protein Docking（蛋白质蛋白质对接）是一种常用的方法，用于预测两个蛋白质之间的结合模式。在你的研究中，你可以将肠道细胞膜受体蛋白与微生物分泌蛋白进行对接分析，以预测它们之间的结合。以下是一般的Protein-Protein Docking分析流程：

数据准备：收集并整理肠道细胞膜受体蛋白和微生物分泌蛋白的序列和结构信息。
结构预测：对于缺乏结构信息的蛋白，可以使用蛋白质结构预测工具进行预测。
受体-配体识别：使用蛋白质受体-配体识别算法，如PatchDock、ZDOCK、ClusPro等，对肠道细胞膜受体和微生物分泌蛋白进行初始的蛋白质对接。
对接模拟：通过分子对接软件（如AutoDock、HADDOCK等）进行更加精确的蛋白质对接模拟，获取最佳的蛋白质结合模型。
结果分析：分析对接模拟结果，评估蛋白质之间的结合性质，如结合位点、亲和力等。

在进行Protein-Protein Docking分析时，你可能会遇到一些挑战和限制。例如，缺乏结构信息的蛋白质的结构预测可能会引入不确定性；蛋白质对接的精确性也受到算法和参数的选择影响。以下是一些相关的文献推荐：

Zhang C, Tang X, Liang X. et al. Docking protein-protein interaction using multiobjective optimization algorithm with fuzzy fitness. BMC Bioinformatics. 2017;18(Suppl 2):58.
Liu Z, Gong H, Zhang Y. et al. Protein-Protein Docking Using Region-Based 3D Convolutional Neural Networks. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2019;16(4):1175-1186.
Torchala M, Moal I, Chaleil RA. et al. BIPS: BIANA Interolog Prediction Server. Mol Cell Proteomics. 2011;10(10):M111.007192.
Xue LC, Rodrigues JP, Kastritis PL. et al. PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein-protein complexes. Bioinformatics. 2016;32(23):3676-3678.

希望以上的建议和文献推荐对你有所帮助！祝你的研究顺利！

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发布时间: 2023-07-27 20:45

更新时间: 2023-07-27 20:55

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