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使用bwa index 时遇到问题

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-07-27 16:44
根据你提供的信息,问题是使用bwa index构建参考基因组索引时遇到问题。根据日志和结果文件,可以看到索引文件并没有成功构建起来。而尝试使用bwa index -a bwtsw构建索引时出现了浮点异常错误。你怀疑问题是因为染色体序列大小超过了2GB的限制。 在这种情况下,你可以考虑对染色体序列进行切割,以便每个切片都小于2GB。使用bwa index构建索引时,可以将切割后的序列文件作为输入,分别构建索引。然后,将每个切片的索引文件合并成一个完整的索引文件。 切割序列的方法可以使用工具如samtools进行操作。你可以使用以下命令将染色体序列切割成多个小片段: ``` samtools faidx chr1.fa ``` 这将生成一个chr1.fa.fai索引文件,其中包含了染色体的每个切片的位置信息。然后,你可以使用samtools的faidx命令和这个索引文件来提取每个切片的序列。例如,使用以下命令提取第一个切片的序列: ``` samtools faidx chr1.fa chr1:1-200000000 > chr1_part1.fa ``` 然后,你可以使用bwa index构建每个切片的索引: ``` bwa index chr1_part1.fa ``` 重复这个过程,为每个切片构建索引。最后,你可以使用bwa merge命令将所有切片的索引文件合并成一个完整的索引文件: ``` bwa merge chr1.fa.bwt chr1_part1.fa.bwt chr1_part2.fa.bwt ... ``` 这样,你就可以解决超过2GB限制的问题,并成功构建参考基因组的索引。 希望这个解决方案对你有帮助!

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发布时间
2023-07-27 16:37
更新时间
2023-07-27 16:44
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