使用bowtie2的--very-sensitive-local模式对ChIP-seq的IP和input与人类参考基因组进行比对，input的比对率能够达到90%，而IP的样本的比对率在20%~60%不等（针对不同的蛋白做的IP），且将未比对上基因组的reads挑选出几条去NCBI做在线的Blastn（nt/nr库），发现不是常见的污染物种（非支原体、非细菌）。有以下问题想要请教各位：
1.鉴于我的input比对率挺高，只有IP低，大概可以排除细胞培养或实验操作中物种污染的因素，那么想问一下ChIP-seq的IP比对率低有哪些常见的原因呢？
2.当抗体的IP质量比较差时，IP下来的东西的建库后文库复杂度低，是否会在二代测序时由于边合成边测序引入较多突变，因而无法和基因组很好的比对上？如果是突变多，通过放宽比对严格程度，应该会有所改善，但是我调整比对了参数(-N 1 --score-min G,10,8)，比对率相较于原来的模式也只是提高了1%左右。
3.在无外源基因组污染的情况下，未比对到人参考基因组上的大部分reads是什么呢？
