RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2552: 浏览

RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

如标题，通常在做ChIP、ATAC-seq等表观相关组学时，会有blacklist region混淆结果。请问这种现象在RIP-seq中存在吗？如m6A-RIP-seq这种。如果存在，blacklist region会相同吗？还是说有自己独立的blacklist region？

PS. 19年Mol Cell的一篇文章（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31279659/），进行m6A MeRIP-seq analysis的时候，直接去除ENCODE project的blacklist region，但实际上该项目针对的是整个基因组

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-05 16:57

根据目前公开可获得的信息，RIP-seq没有像ChIP-seq那样的官方blacklist region合集。但是，类似于ChIP-seq，RIP-seq也可能会受到一些因素的影响，例如基因本身的高表达、高GC含量、重复序列等，这些可能会影响到RIP-seq的分析结果。因此，一些研究人员可能会通过自己的实验数据或者公共数据库的分析，来建立适合自己研究对象的blacklist region合集。对于m6A-RIP-seq这种特定的RIP-seq实验，如上述提到的研究，可以从ENCODE project中直接去除blacklist region。然而，需要注意的是，在不同的实验设计和分析流程中，blacklist region可能会有所不同，因此需要根据具体情况进行筛选和调整。

赞同 0 0评论

关于作者

: Lucas230523 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-05 16:53

更新时间: 2023-06-05 20:45

关注人数: 2 人关注

相关问题

用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?: 1703 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 2479 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下: 1243 浏览 0 关注 0 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1911 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 2340 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 1431 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图: 1723 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有没有推荐的GWAS的入门教程: 1856 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

什么是EWAS？有没有推荐的EWAS推荐教程？: 1890 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？: 1608 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 chip-seq数据下载有多个SRA: 1794 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bivalent domains 如何计算: 2108 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 2263 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ChIP-seq测序深度: 1932 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

问 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 1898 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2249 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 3276 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。: 1173 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 1917 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025