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ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

这是我目前的ASR流程

1.在refseq搜集相关蛋白质序列，并cd-hit以0.95相似度去冗余剩下大概四五百条
2.mafft进行多序列比对，参数--auto，trimal剪辑对齐比对结果
3.iqtree建系统发育树
4.paml下面codeml ASR分析

关键卡在了第四步linux版本的codeml需要输入codeml.ctl配置文件，aaRatefile=氨基酸替代模型iqtree预测的是LG+F+R6，但是paml自带的.dat氨基酸替换模型没有这个组合，请问我该如何生成.dat文件。下面是我的配置文件比对序列时氨基酸序列，希望各位大佬检查一下有没有上面问题。

seqfile = supergene.phy
treefile = ff.fa.treefile
outfile = mlc
getSE = 0
noisy = 9
verbose = 1
seqtype = 2
runmode = 0
CodonFreq = 2
clock = 0
aaDist = 0
model = 2
aaRatefile =
icode = 0
Mgene = 0
fix_kappa = 0
kappa = 2
fix_omega = 0
omega = .4
fix_alpha = 1
alpha = 0
Malpha = 0
ncatG = 10
RateAncestor = 1
Small_Diff = .5e-6
method = 0

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BYXU123 注册会员用户来自于: 湖北省武汉市
2023-05-31 20:13

ProTest3可以生成氨基酸替换模型吗？不是只能预测吗？

我没有找到相关参数

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关于作者

: BYXU123 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-31 16:19

更新时间: 2023-05-31 20:49

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