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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

生信问题

如题。

同样一条序列，使用HHblits在PDB70数据库中比对，无法得出高质量的比对，使用hhsearch也得出同样的结果。

但使用网页端的HHpred就可以注释出来。

并且我手动确认了，网页端HHpred注释出的domain id在我本地运行hhblits所用的pdb70数据库中存在。

但是它就是比对不出来。查看github官方文档也没有提到具体该如何使用HHsuite去复现HHpred的结果。

故来此请教该如何使用命令行版本的HHsuite，实现与网页端HHpred相同或类似的比对效果。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:57

我有几个建议：

去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；
提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。
实在不行，写邮件给作者。

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发布时间: 2023-05-26 18:21

更新时间: 2023-05-26 19:57

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