ATAC-seq绘制TSS富集图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3723: 浏览

ATAC-seq绘制TSS富集图

生信分析

在用过滤后的bam转换为bw后，使用deeptools绘制TSS富集图时，无论是区分为<120bp和>120bp两组、还是区分正负链，得到的pattern都是在TSS右侧有富集而不是在TSS有富集，我使用的代码之一是

computeMatrix reference-point -S sample1.pos.bigwig sample1.neg.bigwig -R UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed random_RmBlackList.bed --referencePoint TSS --beforeRegionStartLength 5000 --afterRegionStartLength 5000 --binSize 50 --numberOfProcessors 15 -o groupby_strand.profile.mat.gz --outFileNameMatrix groupby_strand.tab --samplesLabel positive negative

是否是输入的bed有问题或者其他问题？附绘制的热图结果和输入的bed文件格式示例。

好问题 2 评论收藏举报

附件列表

test.doc 372KB: 下载

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 15:15

我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

赞同 0 2评论

关于作者

: SeaWestKing 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-23 12:16

更新时间: 2023-05-23 15:51

关注人数: 2 人关注

相关问题

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 3773 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 2667 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2638 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 1799 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

请问如何使用R语言绘制散点图: 2294 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图: 1884 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 3021 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

获取所有基因的转录起始位点（TSS）: 3855 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Monocle3绘制自定义轨迹错误: 2957 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方: 1967 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 3884 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 2477 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 2756 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 3484 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 2444 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 3757 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？: 1713 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2262 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Picard Markduplicate: 3053 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025