使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1954: 浏览

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码

For single-read sequencing

TopHat2/TopHat-Fusion

tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-23 09:39

目前只看报错不能判断问题。

chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。

1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？

2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？

能复现错误，之后才好进一步排查。

赞同 0 0评论

关于作者

: m_79ebf5bf0169deebb7c741e4d3cb8be7 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-22 21:30

更新时间: 2023-05-23 09:39

关注人数: 2 人关注

相关问题

linux系统中使用fastqc报错: 2415 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 2588 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 3555 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2376 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1778 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

通过SRA编号寻找对应的文章: 1196 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

Liux中gtftk closest_genes怎么使用？: 1298 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 1300 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ROSE算法寻找SEs: 1271 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 1260 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数: 2181 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 1471 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 1576 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？: 2173 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问转录本坐标转换成基因组坐标: 2194 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 1905 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问分析CRISPR 高通量筛选数据: 1780 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 L1插入位点的百分比密度分布: 1425 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 2588 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025