用atac-seq数据计算的TSS enrichment score - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1148: 浏览

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

RNA_seq

我用atac-seq数据的bigwig，用computeMatrix去计算TSS score,得到的图的纵坐标不是从1开始的？按照tss score的公式，这里应该是从1开始的呀，最小值一定是1。如图所示：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 14:28

首先，TSS enrichment score是用来衡量某个基因的转录起始位点（TSS）在ATAC-seq数据中的富集程度的。计算TSS enrichment score时，通常会将基因的TSS定义为起点，然后计算在一定距离范围内（例如2kb）ATAC-seq信号的富集程度。

对于问题中提到的情况，纵坐标不是从1开始的，这可能是由于computeMatrix计算过程中使用的是默认参数，将所有信号值都转换为正数。因此，得到的图中信号值的最小值可能不是1。

为了确保TSS enrichment score的计算正确，可以通过以下步骤进行：

将bigwig文件中的信号值转换为正数。
将信号值归一化，使其范围在0到1之间。
将信号值按照距离TSS的远近进行排序。
计算在一定距离范围内的信号值的平均值，并将其除以全局平均信号值，得到TSS enrichment score。

通过以上步骤，可以确保得到的TSS enrichment score是正确的，同时也可以保证纵坐标从1开始。

赞同 0 0评论

关于作者

: kkkkkk 注册会员
找一个可以记录问题的地方

2: 回答

1: 文章

9: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-17 14:18

更新时间: 2023-05-17 14:46

关注人数: 2 人关注

相关问题

关于几个数据库对GO注释的疑问: 834 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 544 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 746 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 819 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1022 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 765 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 754 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 831 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 900 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1124 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 1439 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 1471 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 772 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 1205 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GATK和Samtools联合寻找变异: 1052 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1191 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 773 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问公司双端测序的数据R1R2处理: 966 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 876 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 R语言作火山图问题: 767 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024