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非已知转录因子预测
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非已知转录因子预测
转录因子
问题:现在有个非已知的TF(原核生物,并且有这个生物的自己做的基因组序列),想预测这个TF的结合位点和靶基因。 通过blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列,有特征DNA结合域和激活域,也就是可以证明其就是给转录因子。其结合域是HTH,请问我下一步该怎么做呢?可否继续进行预测,因为HTH结合的DNA特异性并不强。非常感谢
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fengling
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用户来自于: 上海市
2018-10-09 09:14
[size=14]blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列的话,其实就可以认为这个TF就是那个已知的TF来处理,所以应该可以直接用已知TF的结合位点和靶基因来验证未知TF是否就是已知TF,如果验证成功,那么两者就可以确定是同一种TF。单纯从逻辑上可以做出以上推断。:)[/size]
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ucco
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-10-08 23:27
更新时间
2018-10-09 09:14
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