RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2743: 浏览

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

现有18组由cufflink得到的transcripts.gtf，数据样本分为WT,OE-1,OE-2三个大类，每一类下面分为处理和未处理，即WT-N，WT-treatment;OE-1-N,OE-1-treatment;OE-2-N,OE-2-treatment共6个家系，再每个家系又分别取3个生物学重复，即WT-N-1，WT-N-2，WT-N-3，WT-treatment-1，WT-treatment-2，WT-treatment-3；;OE-1-N-1，;OE-1-N-2，;OE-1-N-3，OE-1-treatment-1，OE-1-treatment-2，OE-1-treatment-3;OE-2-N-1,OE-2-N-2,OE-2-N-3,OE-2-treatment-1,OE-2-treatment-2,OE-2-treatment-3共18组数据，请问后续我该如何设计去寻找差异基因？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-30 22:41

思考了一下，具体还是看自己的目的，我核心目的是比较OE后相对WT 的变化，因此需要将处理和未处理的分开；也就是18组数据分成处理和未处理分开来进行分析，也就是变成了9组数据，比如未处理的：WT-N,OE-1-N,OE-2-N，先将OE-1-N与WT比较，得到差异基因，再用OE-2-N与WT比较，得到差异基因，再取两个差异基因列表的交集；此外，处理的同理。

赞同 0 0评论

关于作者

: 海王坑 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

24: 回答

0: 文章

7: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-30 11:20

更新时间: 2018-10-03 09:28

关注人数: 2 人关注

相关问题

转录组数据样本聚类结果不理想: 2716 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 3567 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

RNA-seq count值和fpkm值不对应: 3745 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思: 2116 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq logFC与pvalue: 2102 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 2684 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 3083 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq样本重复数: 2414 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 3753 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

样本批次问题: 2234 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问转录组: 2780 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 2110 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 3340 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-: 2194 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问公司双端测序的数据R1R2处理: 3180 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 5298 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GATK和Samtools联合寻找变异: 3127 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 4619 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 1956 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 3576 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026