单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

926: 浏览

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

单细胞RNA_seq

该图描述的是单细胞RNA-seq中20个cluster之间的相关性比较，如果我用R中的cor函数计算相关性，我只能得到所有细胞之间两两比较的相关性。那么采用哪种评估标准，可以用一个值或一个向量代表一个cluster的身份，并得到图中这种cluster与cluster之间的相关性呢？ [attach]248[/attach]

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-20 21:55

你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；

赞同 0 2评论

关于作者

: 杨麻麻 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-20 21:05

更新时间: 2018-09-20 21:55

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38: 973 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

RNA-seq count值和fpkm值不对应: 1316 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 953 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 1147 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 1285 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 909 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

单细胞seurat对象的基因过滤: 2572 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 745 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 819 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 773 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问关于scrublet的使用: 1035 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 720 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问整合scRNA和scATAC相关问题请教: 1046 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 2115 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 1470 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 922 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问运行harmony后counts数变成小数: 735 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问单细胞多样本熵分析样例代码: 753 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 833 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024