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请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库?
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请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库?
lncRNA
hmmer
目前有组装好的黄瓜转录组,试图从中筛选lncRNA。现在用的同源比对软件是blastx,看到有文献使用的是hmmer,但从hmmer userguide来看,好像只可以用蛋白序列搜索HMM数据库。或者我需要从现有转录本identify ORF,翻译,再与HMM数据库比对
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海王坑
前台管理员
用户来自于: 北京市
2018-09-17 19:53
###############################谢邀 #hmmer是要用蛋白序列分析的,分析的目的是筛选lncRNA的话,用pfam的数据库
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summer
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2018-09-17 18:31
更新时间
2018-09-17 19:53
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