2
关注
956
浏览

WGCNA中的TOM热图绘制

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-10-21 10:15
TOMsimilarityFromExpr函数是用来计算基因表达数据的相似性矩阵的,它基于TOM(Topological Overlap Measure)算法。TOM算法是一种网络分析方法,用于衡量基因之间的相似性,而不是差异性。TOM矩阵反映了基因之间的共同连接性和拓扑结构。 在WGCNA中,使用1-TOM来绘制热图是为了突出相似性的强度,使得热图更容易观察和解释。通过对TOM矩阵进行指数转化,可以增强中等强度的关系在热图上的可见性。将对角线数据设为NA是为了避免自身与自身的相似性在热图中显示。 总之,1-TOM矩阵热图展示了基因之间的相似性关系,而不是差异性关系。这种转换方式能够更好地突出相似性结构,方便观察和解读。

问题动态

发布时间
2023-10-21 10:14
更新时间
2023-10-21 10:15
关注人数
2 人关注

推荐内容

使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据
WGCNA
[求助]WGCNA具体参数
关于ggplot2画条图的问题
WGCNA筛选到感兴趣的模块后,如何找这个模块的hub基因呢?
用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图
[求助]WGCNA
求助,安装DESeq2遇到问题
R进行GO时出现No gene can be mapped....
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024