在网上查到的WGCNA热图代码如下:
library(gplots)#获取表达矩阵列数,即基因数nGenes = ncol(datExpr)#获取矩阵行数,即样本数nSamples = nrow(datExpr)
#计算相似性矩阵dissTOM = 1-TOMsimilarityFromExpr(datExpr, power = softPower)#指定用多少个基因作图,建议设置为400~800之间,数值越小运行越快。#一般不使用所有基因画图,这样画出来的图有几十兆,很难打开。nSelect = 400
#设置种子序列,保证结果具有可重复性set.seed(10)#从所以基因中抽取400个基因select = sample(nGenes, size = nSelect)#提取400个基因对应的TOM矩阵selectTOM = dissTOM[select, select]#根据抽取的TOM矩阵重新对基因聚类selectTree = hclust(as.dist(selectTOM), method = "average")#提取抽取的400个基因的模块颜色selectColors = moduleColors[select]
#绘制热图pdf(file="TOM_plot.pdf")#对TOM矩阵进行指数转化,使中等强度的关系更容易在热图上展示出来plotDiss = selectTOM^7#将对角线数据设为NAdiag(plotDiss) = NATOMplot(plotDiss, selectTree, selectColors, main = "Network heatmap plot, selected genes")dev.off()
问题:TOMsimilarityFromExpr是用来计算相似性矩阵的,那1-TOM应该是是差异性矩阵呀?为什么网上的教程都用1-TOM来做TOM矩阵热图呢?谢谢大家
生信小学生