2
关注
1270
浏览

Monocle3绘制自定义轨迹错误

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-09-27 10:18
根据您提供的错误信息,您在使用Monocle3绘制自定义轨迹时遇到了错误。具体来说,您在运行`order_cells(cds)`命令选择自定义节点后,运行`plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime")`时报错如下: `Error in value[[3L]](cond) : No pseudotime for UMAP calculated. Please run order_cells with reduction_method = UMAP before attempting to color by pseudotime.` 这个错误的原因是您在使用`plot_cells`函数时选择了`color_cells_by`参数为"pseudotime",但是在此之前没有使用`order_cells`函数计算UMAP降维后的伪时间信息。所以,在尝试使用伪时间进行着色之前,您需要先使用`order_cells`函数并指定`reduction_method`参数为"UMAP",以计算UMAP降维后的伪时间信息。 您可以在`order_cells`函数后添加以下代码来计算UMAP降维后的伪时间信息: ```R order_cells(cds, reduction_method = "UMAP") ``` 然后,您可以使用`plot_cells`函数进行绘图,指定`color_cells_by`参数为"pseudotime": ```R plot_cells(cds, color_cells_by = "pseudotime", label_cell_groups=FALSE, label_leaves=FALSE, label_branch_points=FALSE, graph_label_size=1.5, group_label_size=4, cell_size=1.0) ``` 这样就可以正确地使用伪时间进行着色了。 希望这个解答对您有帮助!

问题动态

发布时间
2023-09-27 10:14
更新时间
2023-09-27 11:35
关注人数
2 人关注

相关问题

chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的 信号强度图
如何批量绘制多条折线
plotly.express绘制饼图
WGCNA中的TOM热图绘制
请问如何使用R语言绘制散点图
monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色
ATAC-seq绘制TSS富集图
请问有谁知道这张图是如何绘制的吗,在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方
单细胞monocle3,路径很不对,有什么参数是值得调的吗

推荐内容

单细胞seurat对象的基因过滤
chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping
生信行业目前薪资怎样?谈谈吧
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024