【求助】差异表达和特异表达

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背景：[size=12]就是我有两个相反的品系，做了同一种处理。这时候我要比较这两种品系，是用差异表达基因还是用特异表达基因来描述比较好。。。[/size] [size=12]相反品系（一个是对干旱是tolerant。一个是sensitive的），对他们都做同样的干旱处理。[/size] [size=12]我是将他们以互相对照找差异基因，来说明，这些基因就是引起这两个品系的差别。[/size] [size=12]还是求出他们的FPKM，然后用之前我看到一个公式（公式见下[/size] [size=12][attach]129[/attach][/size] [size=12]）（引自：[/size]Machine learning-based differential network analysis_ a study of stress-responsive transcriptomes in Arabidopsis[size=12]），找到这两个品系在各自之中的特殊的表达基因。来解释这两株品系的不同。[/size] [size=12]这两种方法用哪个呢？[/size]

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 22:35

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2018-09-05 修改我现在明白你的意思了，就是你在没有ctrl的情况下怎么进行分析。首先呢，我还是建议，如果有条件有ctrl就测一个ctrl这样的话，下游的分析就会简单很多。其次，你文献里的方法，我觉得也挺好，你也可以试试。其实就是相当于认为某个gene表达量越高，越可能是对stress有帮助的gene。最后，我觉得你还可以看哪些gene变少了，比如一些TF的减少可以帮助某些不太对这个条件适应的gene转录，所以，表达量相对另一个条件降低的gene个人觉得也是需要看的。看的方法可以类似。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 这里面有一个基本逻辑问题：对研究对象进行处理 --> 研究对象的gene发生了改变 --> gene的改变影响了下游 --> 出现蛋白的变化 --> 表型所以我们在做RNA-Seq的分析的时候，才需要看这些差异表达的gene

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-05 10:55

这个公式文章的链接能不能发一个我觉得可以同时用这两种方法分析，相互验证或者取个交集，再下结论是这些基因导致品系差别

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: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-04 22:33

更新时间: 2018-09-05 10:55

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