【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1460: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

mac如何打开Google的网页？: 2095 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2530 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1598 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方: 1731 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】差异表达和特异表达: 2018 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？: 1099 浏览 1 关注 0 回答 2 评论

如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？: 5631 浏览 13 关注 13 回答 1 评论

如何在西宁附近旅游三天: 1432 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

求助：R语言中rm(list=ls())的函数化方式？: 1079 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 1670 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 1488 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ggtree可视化NJ树: 1736 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 2365 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 tophat报错 & cufflinks安装报错: 1491 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 2082 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 2322 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 2164 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问基因互作网络和蛋白互作网络: 1855 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2192 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 2565 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025