【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1310: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 1907 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1347 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？: 1772 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1472 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 2520 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?: 1819 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？: 1410 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 2295 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 1610 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1781 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问基因互作网络和蛋白互作网络: 1663 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请大佬为我指明方向，感谢！！！: 1956 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 1325 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 2787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 1553 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 2151 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 1887 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 894 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1419 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025