mummer运行时报错

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linux

运行mummer下的nucmer，报错20231009|141550| 46474| ERROR: postnuc returned non-zero，有大佬知道是怎么回事吗？

具体代码如下：

nucmer --mum --maxgap=500 --mincluster=100 --prefix=A_B_Chr5_3 A.chr5.3.fasta B.chr5.3.fasta

具体报错：

ERROR: Could not parse input from 'Query File'.
Please check the filename and format, or file a bug report
ERROR: postnuc returned non-zero

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-10-09 14:23

根据提供的信息，报错信息是"ERROR: postnuc returned non-zero"，这可能是由于nucmer无法成功运行postnuc程序导致的。postnuc是nucmer的一个子程序，负责处理比对结果并生成输出文件。首先，我们可以尝试检查输入文件的格式和文件名是否正确。确保指定的A.chr5.3.fasta和B.chr5.3.fasta文件存在，并且文件路径正确。可以使用绝对路径或者相对路径来指定文件路径。另外，也可以尝试使用其他参数组合进行运行，例如去掉--maxgap和--mincluster参数，或者调整它们的值。有时候，某些参数设置可能会导致程序错误。如果问题仍然存在，可能是由于软件本身的问题导致的。您可以尝试更新或重新安装mummer软件，以确保您使用的是最新版本，并且没有已知的bug。此外，还可以查看mummer的官方文档或者在相关的论坛或邮件列表中询问其他用户是否遇到类似的问题，并了解他们是如何解决的。希望这些提示能够帮助您解决问题。

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发布时间: 2023-10-09 14:22

更新时间: 2023-10-09 14:23

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