虚拟机中使用GEC进行GWAS阈值矫正

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我在虚拟机中使用GEC进行GWAS阈值矫正，输入代码

java -Xmx10g -jar kggsee.jar --var-gec --nt 10 --filter-maf-le 0.02 --chrom-col chr --pos-col pos --p-col p_value --p-value-cutoff 0.05 --vcf-ref 230.vcf --pfile PH_GWAS_result.txt --out test

报错

java.util.NoSuchElementException
at java.base/java.util.StringTokenizer.nextToken(StringTokenizer.java:349)
at org.cobi.util.text.LocalFile.retrieveData(Unknown Source)
at org.cobi.kggsee.OptionsParser.parseOptions(Unknown Source)
at org.cobi.kggsee.CUIApp.main(Unknown Source)

现已确定PH_GWAS_result.txt文件所要求的表头是正确的，求解决办法，谢谢大家

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-19 11:58

根据报错信息，问题可能出现在PH_GWAS_result.txt文件的内容或格式上。请确保PH_GWAS_result.txt文件的内容符合GEC软件的要求。在GEC软件中，PH_GWAS_result.txt文件需要包含以下列的表头信息：chr、pos和p_value。请检查该文件是否包含这些列，并且列名是否与GEC软件要求的一致。另外，还需要确保文件中的数据格式正确，例如chr列应该是染色体号码（如1、2、3等），pos列应该是位点位置（整数），p_value列应该是GWAS结果的p值（浮点数）。如果文件的格式和内容都符合要求，但仍然出现报错，请尝试以下解决办法： 1. 检查GEC软件的版本，确保使用的是最新版本； 2. 检查虚拟机中的内存限制是否足够，根据报错信息中的-Xmx10g，尝试增加虚拟机的内存限制； 3. 尝试使用其他GWAS结果文件进行测试，看是否仍然出现相同的报错信息。如果以上方法仍然无法解决问题，请参考GEC软件的文档或联系软件开发者获取更详细的帮助和支持。希望这些解决办法能帮助您解决问题！

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发布时间: 2023-07-19 11:57

更新时间: 2023-07-19 11:58

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