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如何批量下载SRA数据库中的数据？

生信问题

假设我有一万多个SRR号码，如何得到这些SRR号码的run info？尝试过esearch和efetch，但是每次只能请求五百个就报错了。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:04

只能500个为单位进行fetch和下载

这个应该是NCBI自己API的规定，没办法。

或者可以看看这个网站

https://sra-explorer.info/

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-27 19:25

如何批量下载SRA数据库中的数据？

如果你有一万多个SRR号码，可以通过以下步骤批量下载SRA数据库中的数据：

使用esearch命令将SRR号码转换成SRA的accession号码：

esearch -db sra -query "SRRXXXXXX" | efetch -format runinfo

将上一步得到的accession号码保存在一个文本文件中，每行一个号码。
使用prefetch命令批量下载SRA数据：

cat accessions.txt | xargs prefetch

使用fastq-dump命令将SRA数据转化为fastq格式：

fastq-dump --split-files SRRXXXXXX.sra

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关于作者

: 李祥注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-27 19:24

更新时间: 2023-06-30 00:04

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