bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2783: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 2322 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？: 1909 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1889 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

tophat报错 & cufflinks安装报错: 1267 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 1284 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）: 1336 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 1314 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 1783 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 2571 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

调用R包后报错：XXX objects are masked……: 1050 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问纤维二糖功能: 1786 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1173 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 1843 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1869 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1889 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生信行业目前薪资怎样？谈谈吧: 2445 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 1722 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问cytoscape是怎么构建网络的？: 1241 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 3720 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025