该问题已被锁定!
2
关注
1613
浏览

肿瘤样本的VAF值

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-13 14:43

对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况,一般来说不正常。因为VAF(Variant Allele Frequency)是指突变等位基因在总等位基因中的比例,而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来,所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外,还有正常等位基因。因此,如果肿瘤样本中VAF等于1,就意味着这个位点上所有等位基因都是突变等位基因,这是不太可能的情况。

导致VAF=1的可能原因有很多,例如:

  • 样本制备或测序过程中的误差
  • 样本污染
  • 样本中存在CNV(拷贝数变异)
  • 组织异质性
  • 突变存在于肿瘤细胞的每个基因组拷贝中,例如某些癌症相关基因的敲除突变

因此,肿瘤样本的VAF不应该等于1。一般来说,肿瘤细胞中突变等位基因的比例应该低于50%,因为肿瘤细胞中还存在正常等位基因。具体来说,VAF的高低取决于突变等位基因和正常等位基因在肿瘤细胞中的相对数量,以及该位点的CNV情况。

问题动态

发布时间
2023-06-13 14:39
更新时间
2023-06-13 14:43
关注人数
2 人关注

相关问题

请教多个scRNA样本整合问题
在用seurat做多样本整合的时候的问题
如何按一个列表对基因型文件进行过滤,剔除不需要的样本?
harmony整合样本前需要分别预处理吗?
如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异
根据Barcode序列进行样本拆分?
ATAC-seq样本重复数
RNA-seq,样本中存在同一基因对应不同的FPKM值
用GWAS筛选受选择基因,样本数量不够,请问可以用选择消除分析吗
转录组组内样本差异大

推荐内容

怎么用prokka做批量注释
SMC++
Hic_pro在mergeSAM时遇到这个问题,是不是CPU占用guo
宏病毒组做binning分析
PacBio纠错算法的研究
细菌的参考基因组下载
nextpolish二代三代纠错报错N过多
噬菌体比较基因组分析流程
获取所有基因的转录起始位点(TSS)
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025