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修改代码:报错Error: strip arg must be None or str

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-08 11:18
这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型,而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型,所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。 比如,将以下代码: ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为: ``` old_id = line.strip() ``` 或者改为: ``` old_id = line.strip('\n') ``` 同时,还需要注意在函数replacefastaids()中,传入的fastafile参数与定义的fasta_file变量名不一致,需要将其改为一致。 修改后的代码如下: ```python import sys def replace_fasta_ids(fasta_file, id_file): # 读取新id列表 with open(id_file, 'r') as f: new_ids = [line.strip() for line in f] # 替换fasta文件中的id new_fasta = '' with open(fasta_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('>'): # 获取旧id old_id = line.strip() if len(new_ids) == 0: # 检查new_ids列表是否为空 break # 获取新id new_id = new_ids.pop(0) # 替换id new_fasta += '>' + new_id + '\n' else: # 添加序列信息 new_fasta += line # 将替换后的fasta写入文件 with open('new.fasta', 'w') as f: f.write(new_fasta) return new_fasta if __name__ == '__main__': if len(sys.argv) != 3: print('Usage: python script.py fastafile idfile') sys.exit(1) fasta_file = sys.argv[1] id_file = sys.argv[2] try: replace_fasta_ids(fasta_file, id_file) except Exception as e: print('Error:', e) sys.exit(1) ```

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发布时间
2023-06-08 10:54
更新时间
2023-06-08 11:18
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