该问题已被锁定!
2
关注
1262
浏览

修改代码:报错Error: strip arg must be None or str

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-08 11:18
这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型,而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型,所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。 比如,将以下代码: ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为: ``` old_id = line.strip() ``` 或者改为: ``` old_id = line.strip('\n') ``` 同时,还需要注意在函数replacefastaids()中,传入的fastafile参数与定义的fasta_file变量名不一致,需要将其改为一致。 修改后的代码如下: ```python import sys def replace_fasta_ids(fasta_file, id_file): # 读取新id列表 with open(id_file, 'r') as f: new_ids = [line.strip() for line in f] # 替换fasta文件中的id new_fasta = '' with open(fasta_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('>'): # 获取旧id old_id = line.strip() if len(new_ids) == 0: # 检查new_ids列表是否为空 break # 获取新id new_id = new_ids.pop(0) # 替换id new_fasta += '>' + new_id + '\n' else: # 添加序列信息 new_fasta += line # 将替换后的fasta写入文件 with open('new.fasta', 'w') as f: f.write(new_fasta) return new_fasta if __name__ == '__main__': if len(sys.argv) != 3: print('Usage: python script.py fastafile idfile') sys.exit(1) fasta_file = sys.argv[1] id_file = sys.argv[2] try: replace_fasta_ids(fasta_file, id_file) except Exception as e: print('Error:', e) sys.exit(1) ```

关于作者

问题动态

发布时间
2023-06-08 10:54
更新时间
2023-06-08 11:18
关注人数
2 人关注

相关问题

nextpolish二代三代纠错报错N过多
调用R包后报错:XXX objects are masked……
SPSS报错
Aspera数据下载报错
R语言安装"MotIV"软件包,出现如下报错怎么办?
编写shell脚本的if循环如下,结果运行的时候出现如下报错?原因是什么? 大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢
sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决?系统是:ubuntu14 server 版
安装R包sf报错
Stringtie报错
我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数

推荐内容

roary报错,没有找到字母表 如图
细菌基因组分析
likelihood ratio test
关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题
Hic_pro在mergeSAM时遇到这个问题,是不是CPU占用guo
运行roary软件不出结果,命令行用了这种
SMC++
不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思
基因组组装问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025