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根据我的了解,Scanpy是一个用于单细胞RNA测序分析的Python包,而Slide-seq是一种新型的高通量单细胞转录组学技术。
在Slide-seq中,每个细胞都被随机地分配到一个微型反应器中,这些反应器被布置在一个玻片上,从而允许高通量的单细胞转录组学测序。 在处理Slide-seq数据时,空转bin_size是一个非常重要的问题。
空转是指在Slide-seq实验中,一些微型反应器没有细胞,这会导致一些bin中没有任何基因表达信息。为了避免这种情况的发生,可以通过改变bin_size的大小来减少空转的数量。
具体来说,如果binsize太小,那么会有更多的空转,如果binsize太大,那么会有更多的bin中包含多个细胞的表达信息。因此,需要根据实验的具体情况来选择最合适的binsize。可以通过调整binsize的大小来平衡空转和多细胞信息的数量,从而得到更准确的单细胞转录组学数据。
总之,空转binsize是Slide-seq数据处理中一个非常重要的问题,可以通过改变binsize的大小来减少空转的数量,从而得到更准确的单细胞转录组学数据。
slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧?这样的技术可以改binsize吗?我怎么感觉从原理上不能改啊。
这家伙很懒,还没有设置简介