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HHblits使用相同的数据库,得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-26 18:31
首先,需要确认使用HHpred网页版得到的结果中使用的是哪个数据库。HHpred网页版默认使用了UniRef90数据库进行比对,而HHblits则使用PDB70数据库。这可能是造成差异的原因之一。如果需要得到与HHpred类似的结果,可以尝试使用UniRef90数据库进行比对。 其次,可以尝试调整HHblits的一些参数,以改善比对效果。例如,可以尝试调整迭代次数、E-value阈值、gap扩展惩罚等参数,以找到最适合的参数组合。可以使用HHblits的--help命令查看各参数的含义和默认值。 另外,HHpred网页版还使用了PSI-BLAST算法进行预处理,以进一步提高比对效果。可以尝试在HHblits之前使用PSI-BLAST进行预处理,以得到更好的结果。 最后,如果以上方法都无法改善比对效果,可以考虑使用其他的比对工具,例如HMMER或者BLAST,以找到更适合的工具和参数组合。 总之,要得到与HHpred类似的比对效果,需要综合考虑数据库、算法、参数等因素,并进行适当的调整和优化。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:57

我有几个建议:

  1. 去读一下官网的mannual,然后看看是否有不同;
  2. 提交的时候,看看有没有暴露后端提交的代码,因为网页版本质上还是命令行计算,看看他们的参数怎么设置的。
  3. 实在不行,写邮件给作者。

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发布时间
2023-05-26 18:21
更新时间
2023-05-26 19:57
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