"XP-CLR is a method that uses allele frequency differentiation at linked loci between two populations to
detect selective sweeps. Each chromosome was analyzed using the program XPCLR(v1.0) with parameters ‘-w1 0.0005 200 200 1 -p1 0.9′. The average XP-CLR scores were calculated for each 20 kb sliding window with a step size of 2 kb."
想问一下有一篇文章里，如上面对xp-clr的描述中平均值为20kb滑动窗口2kb步长要怎么计算呢？
已知运行参数别代表XPCLR -xpclr genofile1 genofile2 mapfile outputFile -w1 snpWin gridSize chrN -p corrLevel
1 回答
首先，我们需要了解XP-CLR的计算方法。XP-CLR方法通过分析两个群体间的连锁位点等位基因频率差异来检测选择扫描（selective sweep）。XP-CLR得分表示两个群体间某个位点的选择压力大小，得分越高表示该位点受到的选择压力越大。 在该文章中，使用了20 kb大小、2 kb步长的滑动窗口来计算平均XP-CLR得分。具体计算方法如下：
因此，该文章中所描述的平均值为20kb滑动窗口2kb步长的计算方法为：对于每个20 kb大小、2 kb步长的滑动窗口，取其中的所有位点，计算这些位点在两个群体中的XP-CLR得分之和，然后除以该窗口中的位点数，得到该窗口的平均XP-CLR得分。
