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cut tag 测序相关问题

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-19 16:35
对于cut tag测序的unique map比例低的问题,需要根据具体情况进行分析。一般来说,如果unique map比例低于70%可能会影响后续分析结果的可靠性,因此建议优化测序实验的条件,例如增加数据量、优化文库制备等。当然,如果数据量较小,unique map比例较低也是可以接受的。 关于fastqc结果显示序列重复的问题,这可能是由于PCR扩增过程中引入的偏差导致的。PCR扩增可能会引入不同程度的偏差,导致一些序列出现多次,从而影响测序数据的质量。为了减少这种影响,建议优化PCR扩增条件、合理设计文库等。同时,可以使用一些去重工具对数据进行去重处理,例如Fastuniq、PRINSEQ等。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-19 20:12

先回答你第2个问题,fastqc里的所谓重复不影响你做分析,那个的评估不准确。

然后是unique mapping的比例,只要你看到目标区域有富集峰,那就继续分析即可。

不是说一定要完美的建库结果,才能分析出有生物学意义和价值的东西。

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发布时间
2023-05-19 16:32
更新时间
2023-05-19 20:12
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