用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1170: 浏览

用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

sra文件解压缩

另外问一下，大家是如何下载sra文件的，如何检测sra文件的完整性？下载源并没有对应的Md5检测文件呀！

好问题 0 评论收藏举报

3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 21:11

使用prefetch就好，至于完整性…… 成功下载了以后会有提示。

赞同 2 0评论

笨阿牛初级会员用户来自于: 安徽省合肥市
2018-09-18 08:42

已经解决了，用的是aspera

赞同 1 0评论

liuwq 注册会员用户来自于: 北京市
2018-09-17 19:31

sra-tools中好像有个prefetch命令，关于完整性，我认为主要还是看文件大小。

赞同 0 0评论

关于作者

: 笨阿牛 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

14: 回答

0: 文章

17: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-17 17:53

更新时间: 2018-09-18 08:42

关注人数: 3 人关注

相关问题

limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？: 435 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛: 995 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？: 759 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思: 760 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何确定一种基因ID的类型: 1168 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

poor oligo synthesis怎么理解，是什么意思呢: 876 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 1095 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求助服务器警报蜂鸣原因: 666 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件: 668 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID: 842 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 736 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024