用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？ - 做专业的生信问答网站

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用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

sra文件解压缩

另外问一下，大家是如何下载sra文件的，如何检测sra文件的完整性？下载源并没有对应的Md5检测文件呀！

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3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-17 21:11

使用prefetch就好，至于完整性…… 成功下载了以后会有提示。

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笨阿牛初级会员用户来自于: 安徽省合肥市
2018-09-18 08:42

已经解决了，用的是aspera

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liuwq 注册会员用户来自于: 北京市
2018-09-17 19:31

sra-tools中好像有个prefetch命令，关于完整性，我认为主要还是看文件大小。

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关于作者

: 笨阿牛 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-17 17:53

更新时间: 2018-09-18 08:42

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