脚本为：
#!/bin/bash
bw2_index=~/reference/index/bowtie2/TAIR10/Athaliana
for i in C01 C02 C31 C32 C51 C52 s01 s02 s31 s32
do
bowtie2 -p 5 -x $bw2_index -1 ${i}_1.clean.fq.gz -2 ${i}_2.clean.fq.gz \
| samtools view -@ 5 -b -f 2 -q 20 \
| samtools sort -@ 5 -O bam -o - > ../03_alignment/${id}.sorted.bam
done
但我跑了快4个小时，结果一个bam文件都没看见。融合的bam文件似乎一个个都消失了。。。不知道哪位老铁知道原因。
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