如何筛选小鼠lncRNA? - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

828: 浏览

如何筛选小鼠lncRNA?

目前在处理小鼠的胚胎时期数据，通过tophat2和cufflink、cuffmerge之后得到各个样本的gtf文件，我该如何知道哪些是lncRNA呢？在网上查询到的解答是通过CPC等软件进行预测，但是实验室的师兄告诉我小鼠的lncRNA已经被注释的差不多了，预测出来的不准，我下一步该如何挑出已知的lncRNA啊？求助！

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-12 09:21

lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [url]http://www.lncrnadb.org/[/url]

赞同 1 0评论

关于作者

: ProlexA 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-12 00:19

更新时间: 2018-09-12 09:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 1000 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 1088 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？: 1413 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容: 1242 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 951 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1140 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何计算富集分析里的差异倍数: 780 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 659 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 1042 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 839 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读: 840 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1033 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问生信到底如何入门？？？: 1705 浏览 6 关注 6 回答 0 评论

问关于基因对某种疾病的影响的问题: 633 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cox回归分析问题: 411 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问基因本体论分析上下调基因差异: 617 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 1521 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？: 756 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于GO分析的问题: 774 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 annovar建立非模式物种注释库后怎么分析: 730 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024