孟浩巍的主页 - 做专业的生信问答网站

登录

孟浩巍超级管理员

先把生信坑能做够10年！

男

关注: 3 | 粉丝: 224 | 积分: 7770 | 威望: 3 | 访问: 14164

孟浩巍在 2018-08-23 21:30 回答了问题 没事找事: 先埋一个帖子，希望一年之后大家都能收获到自己想要的。; 孟浩巍: 1年以后，希望我们的【生信坑】能够越挖越大！也希望这一年里，我们能学到更多知识。加油！; 赞同6 反对 0 人感谢 2 评论 10 回复

孟浩巍在 2018-08-23 20:53 回答了问题 生信入门 R Bioconductor GEOquery: GEOquery下载GEO数据软件报错; 孟浩巍: windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-23 20:49 回答了问题 问题求解: 如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题; 孟浩巍: 首先，对于FastQC duplication衡量的问题，应该先考虑是什么建库方式。是DNA重测序，还是RNA-Seq，如果是RNA-Seq duplication level报警是很容易的，因为很多gene存在多拷贝的情况。其次，那么这个duplication到底严不严重，或者后续怎么处理呢...; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-23 17:21 回答了问题 问题求解 FASTQC: 使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错; 孟浩巍: 是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是...; 赞同3 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-23 15:52 回答了问题 生信入门: 在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？; 孟浩巍: 从报错的角度来说，是压缩文件解压缩的时候报错。一般出现这个问题，是文件完整性的问题，建议检查文件的MD5，如果是gz格式压缩的文件，可以使用： [code]gzip -t filename.gz [/code]来检测文件的压缩是不是有问题。; 赞同2 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-23 14:45 回答了问题 芯片数据分析: 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？; 孟浩巍: 芯片数据分析，大概可以分成这么几个步骤： [attach]10[/attach] 分别是背景矫正（background correction） -> 归一化（normalization） -> 合并探针（summarization）每一步的算法最常用的如下： [attach]11[/a...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-23 14:43 回答了问题 问题求解 GO分析 R: R进行GO时出现No gene can be mapped....; 孟浩巍: 是不是你的gene_id 没有设置好啊？ entrez_id是数字，SYMBOL的意思是基因名，你在进行map的时候这两个要对应。我看你的代码，貌似一个是entrez id 一个写成SYMBOL了。; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-23 14:21 回答了问题 没事找事: 墙裂建议公众号扩大点影响力; 孟浩巍: 现在是内测期，成功运行1个月以后，会开始推广的。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 4 回复

孟浩巍在 2018-08-23 11:32 回答了问题 Python rpy2: 有没有用过python调用R程序的模块rpy2的朋友，被这玩意弄疯了; 孟浩巍: 我也遇到过这个问题，可能是python版本的问题，建议用2.7试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-22 23:01 回答了问题 没事找事: 测试交流区; 孟浩巍: 测试外部链接 [url]http://www.bioinfo.info/?/question/8[/url]; 赞同1 反对 0 人感谢 6 评论 17 回复

个人成就

获得 176 次赞同

被 224 人关注了

关注了 3 人

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024