孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-08-31 08:55 回答了问题
生信入门
安装anaconda时conda命令无法起作用
孟浩巍: 输入的安装命令是什么？
匿名用户 在 2018-08-30 20:26 回答了问题
数据库 NT库
创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列
孟浩巍: 贴出你的问题啊…… 你这不顺利是哪里不顺利…… 别让大家猜你的问题啊！
孟浩巍 在 2018-08-30 20:25 回答了问题
问题求解
如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）
孟浩巍: 可以参考我的代码，使用org里面拟南芥的数据库   [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("htt...
孟浩巍 在 2018-08-30 17:39 回答了问题
生信问题
pheatmap画图的数据导入问题
孟浩巍: 对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix)      
孟浩巍 在 2018-08-30 16:52 回答了问题
Chip_Seq
老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。
孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；  
孟浩巍 在 2018-08-30 10:01 回答了问题
生物信息学 考研
考研生物信息学院校推荐
孟浩巍: genomics是个比较宽泛的概念，如果是考研的话，是不是可以考虑基因组所？
孟浩巍 在 2018-08-29 16:17 回答了问题
digeo
最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好
孟浩巍: 2017年新的软件，还没有试过。 之前我们用rMATS的结果挺好的，能够和实验结果match。目前我还是推荐用rMATS，毕竟这么多人检验过。
孟浩巍 在 2018-08-29 16:13 回答了问题
甲基化预测
【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？
孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。 人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。 你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。   至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...
孟浩巍 在 2018-08-29 16:10 回答了问题
测序序列 Illumina测序 测序原理
第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗
孟浩巍: 这个和测序的时候荧光关系不大，现在你说的问题是二代测序中测序G容易出错的问题。 这个问题的是因为，在测序的时候，使用的dNTP不是天然存在的，而是经过工程改造的ddNTP，图示如下： [attach]69[/attach]   在工程改造的过程中，需要增加荧光基团和一个-N3基团帮助block每一...
孟浩巍 在 2018-08-29 14:23 回答了问题
甲基化
甲基化位点选择
孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~ 
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