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孟浩巍在 2018-08-31 08:55 回答了问题 生信入门: 安装anaconda时conda命令无法起作用; 孟浩巍: 输入的安装命令是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

匿名用户在 2018-08-30 20:26 回答了问题 数据库 NT库: 创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列; 孟浩巍: 贴出你的问题啊…… 你这不顺利是哪里不顺利…… 别让大家猜你的问题啊！; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-30 20:25 回答了问题 问题求解: 如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）; 孟浩巍: 可以参考我的代码，使用org里面拟南芥的数据库 [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("htt...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-30 17:39 回答了问题 生信问题: pheatmap画图的数据导入问题; 孟浩巍: 对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix); 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-30 16:52 回答了问题 Chip_Seq: 老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。; 孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-30 10:01 回答了问题 生物信息学 考研: 考研生物信息学院校推荐; 孟浩巍: genomics是个比较宽泛的概念，如果是考研的话，是不是可以考虑基因组所？; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-29 16:17 回答了问题 digeo: 最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好; 孟浩巍: 2017年新的软件，还没有试过。之前我们用rMATS的结果挺好的，能够和实验结果match。目前我还是推荐用rMATS，毕竟这么多人检验过。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-29 16:13 回答了问题 甲基化预测: 【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？; 孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-29 16:10 回答了问题 测序序列 Illumina测序 测序原理: 第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗; 孟浩巍: 这个和测序的时候荧光关系不大，现在你说的问题是二代测序中测序G容易出错的问题。这个问题的是因为，在测序的时候，使用的dNTP不是天然存在的，而是经过工程改造的ddNTP，图示如下： [attach]69[/attach] 在工程改造的过程中，需要增加荧光基团和一个-N3基团帮助block每一...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-29 14:23 回答了问题 甲基化: 甲基化位点选择; 孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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