孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-09-04 09:35 回答了问题
甲基化
启动子区域甲基化位点选择
孟浩巍: 看你怎么计算了，如果你要计算的region正好包括两个点，那么取平均，取中位数，取最大值等等都可以，要看你说明的问题是什么。这里你简单处理的话，取平均就好。
孟浩巍 在 2018-09-03 14:02 回答了问题
生信入门
生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究
孟浩巍: [b][size=12]To be a data worker![/size][/b]   [size=12]最最重要的几点[/size] [list] [*]机器学习的相关算法推导与学习 [list] [*]完成李航机器学习的推导与学习，一定要掌握核心概念，并真正理解；[/*] [*]上完Andr...
孟浩巍 在 2018-09-02 10:52 回答了问题
生信入门
【求助】如何确定时期特定表达基因
孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list；   2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。   3. 还可以做个pca，然后看pca...
孟浩巍 在 2018-09-02 10:33 回答了问题
kegg功能注释
请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢
孟浩巍: 其实道理类似，就是先找到你这个物种geneA 对应的模式生物的geneB, 一般寻找的过程是blast。 然后再通过模式生物的geneB进行KEGG或者是GO分析。   blast2GO就是简化了这个过程，但是道理还是这么个道理。
孟浩巍 在 2018-08-31 22:23 回答了问题
芯片数据分析
在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？
孟浩巍: 我个人的理解是这样的，   1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。   2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...
孟浩巍 在 2018-08-31 20:01 回答了问题
GTEx
GTEx项目的数据类型
孟浩巍: GTEx数据我有一点总结笔记，分享给你。   [b]## 基本信息[/b] 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/```   [b]## GTEx Data and Analysis FAQs[/b] 1. 数据下载     * 数据下载可以通过```ht...
孟浩巍 在 2018-08-31 19:47 回答了问题
htseq
htseq使用出现故障
孟浩巍: 提供一个解决问题的思路：   1. 确定你htseq调用的是哪个python，一般情况下是默认的python，所以直接用which python来确定； 2. 直接在终端运行python，之后import pysam，能成功以后即可。 3. 我猜测很可能是htseq调用的python和你用pip或者...
孟浩巍 在 2018-08-31 12:58 回答了问题
TCGA
cox单因素分析问题
孟浩巍: 目前提供的TCGA数据都是RSEM
孟浩巍 在 2018-08-31 11:42 回答了问题
生信软件包 R语言软件包安装
linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？
孟浩巍: 楼上正解！
孟浩巍 在 2018-08-31 11:41 回答了问题
deeptools. ChIP_seq
deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？
孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。 如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。  
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