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孟浩巍在 2018-09-04 14:17 回答了问题 统计: 统计学，如何从入门到放弃？; 孟浩巍: 统计的话，还是如果是做生物信息学相关的内容，我推荐这么几本书： 1. 基础的浙江大学版本《概率论与数理统计》 2. 进阶一点的看第8版的 Fundamentals of Biostatistics，这本书貌似还没有中文译本，所以如果觉得吃力可以且看且用； 3. 《统计学习导论》这本书...; 赞同3 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-04 10:54 回答了问题 linux: Linux下，通过循环批量拷贝文件。; 孟浩巍: 我跟楼上想的方式类似： [code]find -name "*.seg.txt" | grep -f ABSOLUTE_samp.csv | xargs -I {} cp {} $target_path/{}[/code]; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-04 09:54 回答了问题 htseq: HTseq gtf文件的选择; 孟浩巍: 请参考我之前的回答： [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/36065699[/url]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-04 09:35 回答了问题 甲基化: 启动子区域甲基化位点选择; 孟浩巍: 看你怎么计算了，如果你要计算的region正好包括两个点，那么取平均，取中位数，取最大值等等都可以，要看你说明的问题是什么。这里你简单处理的话，取平均就好。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-03 14:02 回答了问题 生信入门: 生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究; 孟浩巍: [b][size=12]To be a data worker![/size][/b] [size=12]最最重要的几点[/size] [list] [*]机器学习的相关算法推导与学习 [list] [*]完成李航机器学习的推导与学习，一定要掌握核心概念，并真正理解；[/*] [*]上完Andr...; 赞同4 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-02 10:52 回答了问题 生信入门: 【求助】如何确定时期特定表达基因; 孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca...; 赞同2 反对 0 人感谢 3 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-02 10:33 回答了问题 kegg功能注释: 请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢; 孟浩巍: 其实道理类似，就是先找到你这个物种geneA 对应的模式生物的geneB, 一般寻找的过程是blast。然后再通过模式生物的geneB进行KEGG或者是GO分析。 blast2GO就是简化了这个过程，但是道理还是这么个道理。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-31 22:23 回答了问题 芯片数据分析: 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？; 孟浩巍: 我个人的理解是这样的， 1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。 2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...; 赞同3 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-31 20:01 回答了问题 GTEx: GTEx项目的数据类型; 孟浩巍: GTEx数据我有一点总结笔记，分享给你。 [b]## 基本信息[/b] 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/``` [b]## GTEx Data and Analysis FAQs[/b] 1. 数据下载 * 数据下载可以通过```ht...; 赞同6 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-31 19:47 回答了问题 htseq: htseq使用出现故障; 孟浩巍: 提供一个解决问题的思路： 1. 确定你htseq调用的是哪个python，一般情况下是默认的python，所以直接用which python来确定； 2. 直接在终端运行python，之后import pysam，能成功以后即可。 3. 我猜测很可能是htseq调用的python和你用pip或者...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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