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孟浩巍在 2018-09-06 09:31 回答了问题 wget winscp ENCODE: 用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?; 孟浩巍: 有些ENCODE的数据就是这样，尤其是2016年底改版以后，可以试着找你数据对应的GEO编号，然后从GEO里面下载。我都是这么搞的……; 赞同2 反对 1 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-05 16:59 回答了问题 linux: 服务器与终端的字符编码问题; 孟浩巍: 你是用vim打开的吗？ less有可能不支持中文，vim可以支持的~; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

匿名用户在 2018-09-05 13:11 回答了问题 生信问题: RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？; 孟浩巍: 因为测序的时候是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上，所以在正常mapping回去的时候也应该是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上。但是如果是circRNA被测序到，这个测序就会出问题，就会出现本来应该出现两种朝向完全相反的情况，当出现这种情况的时候，就是你要的cir...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-05 13:05 回答了问题 参考基因组: 请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义; 孟浩巍: 请参考我的视频教程：第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av12969326/[/url] 主要内容 [list] [*]Linux基础操作（1:00 - 20:30)[/*] ...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-05 09:19 回答了问题 #单细胞测序QC: 如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤; 孟浩巍: 是这样滴，FastQC只能生成质量报告，不能够设置参数进行处理。你这里面提到的mapping ratio，mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算，和FastQC关系不大。我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。另外，单细胞现在有各种完整的...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-04 22:35 回答了问题 生信入门: 【求助】差异表达和特异表达; 孟浩巍: - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2018-09-05 修改我现在明白你的意思了，就是你在没有ctrl的情况下怎么进行分析。首先呢，...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-04 14:21 回答了问题 生信分析: 关于RSEM和RPKM; 孟浩巍: 癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-04 14:17 回答了问题 统计: 统计学，如何从入门到放弃？; 孟浩巍: 统计的话，还是如果是做生物信息学相关的内容，我推荐这么几本书： 1. 基础的浙江大学版本《概率论与数理统计》 2. 进阶一点的看第8版的 Fundamentals of Biostatistics，这本书貌似还没有中文译本，所以如果觉得吃力可以且看且用； 3. 《统计学习导论》这本书...; 赞同3 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-04 10:54 回答了问题 linux: Linux下，通过循环批量拷贝文件。; 孟浩巍: 我跟楼上想的方式类似： [code]find -name "*.seg.txt" | grep -f ABSOLUTE_samp.csv | xargs -I {} cp {} $target_path/{}[/code]; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-04 09:54 回答了问题 htseq: HTseq gtf文件的选择; 孟浩巍: 请参考我之前的回答： [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/36065699[/url]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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