孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-09-10 09:34 回答了问题
生信分析 参考基因组
网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？
孟浩巍: 染色体里有一些简单重复序列，比如端粒，着丝粒，串联重复等等，这些序列的长度可以估算一个大概的值，但是测序的时候拼装不起来，比如N个AT串联。这个时候，我们的染色体在开头，中间，结尾的各个部分都会出现N的情况。   我之前写过一段程序，画了一下hg19和hg38两个human genome版本的N的情...
孟浩巍 在 2018-09-10 09:30 回答了问题
生信分析
请问如何查询某基因的详细的Biological Function？
孟浩巍: 我一般建议从两个网站上考虑，第1个就是GO网站，看看这个gene的GO注释是什么，能说明一定的gene功能。 网址： [url]http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis[/url]   第2个是UniPort网站，里面会介绍有文献报道的功...
孟浩巍 在 2018-09-09 23:16 回答了问题
问题求解
linux系统中使用fastqc报错
孟浩巍: 建议使用anaconda重新安装。
孟浩巍 在 2018-09-09 15:01 回答了问题
SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？
孟浩巍: 直接用samtools depth不行吗？算的来的不就是每个bp的coverage？ 可视化的话，直接用IGV
孟浩巍 在 2018-09-08 21:01 回答了问题
差异基因软件比较
关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因
孟浩巍: 我建议： cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因： 1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1； 2. log2foldchange 的绝对值大于1； 3. qvalue < 0.05;   DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件 算...
孟浩巍 在 2018-09-08 20:54 回答了问题
deeptools. ChIP_seq
含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示
孟浩巍: 怎么展示的都有，怎么漂亮怎么来。
匿名用户 在 2018-09-08 10:22 回答了问题
可变剪切
rMATS是如何得到外显子的两种isform的？
孟浩巍: rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach]   在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。
孟浩巍 在 2018-09-08 10:20 回答了问题
Bioconductor R语言 软件安装
R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？
孟浩巍: [code]Hi Hervé, @hpages I've installed from GitHub using MAKE="make -j8" in my ~/.Renviron and BiocInstaller::biocLite("Bioconductor/Rhtslib"). It wo...
孟浩巍 在 2018-09-08 10:17 回答了问题
转录组比对
什么是nomalized read count，和RPKM是什么关系
孟浩巍: 楼上你说的……有点问题的…… [size=14]normalized read count 主要是对测序量进行校正，比如1个case测了10M，1个case测了20M。最简单的办法就是直接对case 2 除以2，但是真实算的时候不是这么算的，有不同的方法。理由是，基因的表达量不是线性变化的。[/si...
孟浩巍 在 2018-09-08 10:15 回答了问题
Ideogram可视化
Ideogram的画法
孟浩巍: 这种ideogram，目前我认为比较好用的工具是 Bioconductor里面的IdeoViz包； [attach]164[/attach]     但是如果想要你说的这个效果，我觉得绝大多数情况下，应该都是画完以后后期再美化的。
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