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孟浩巍在 2018-09-17 21:11 回答了问题 sra文件解压缩: 用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？; 孟浩巍: 使用prefetch就好，至于完整性…… 成功下载了以后会有提示。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-09-16 09:53 回答了问题 RNA_seq: 请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？; 孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-15 19:31 回答了问题 可变剪切: 怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？; 孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene [attach]220[/attach] 里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-15 19:28 回答了问题 WGCNA: [求助]WGCNA; 孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

匿名用户在 2018-09-14 11:23 回答了问题 转录组: 对突变组和对照组的某基因表达量做T检验; 孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test；你既然没有这样的数据，做个t test就行了。但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:16 回答了问题 perl: perl的如何进行读取和循环的; 孟浩巍: 我吐槽一句：Perl语言代码一律不看……; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:15 回答了问题 featurecounts FPKM: FPKM计算问题; 孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本）或者 cuffnorm（多样本）; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:14 回答了问题 ClueGO Cytoscape miRNA_mRNA互作分析: 关于Cytoscape插件ClueGO的问题; 孟浩巍: 对于gene节点来说，如果能分配到两个GO term里，就应该是两个对应的GO term的颜色。; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:12 回答了问题 二代测序 count: 二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?; 孟浩巍: 修改：你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-12 19:56 回答了问题 甲基化 生信报错: Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）; 孟浩巍: 判断不太出来是哪里出问题了。建议使用1% ~ 10%的数据对bismark进行测试，现在的bismark都是默认bowtie2了。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

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