孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
男
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孟浩巍 在 2023-08-15 17:17 回答了问题
生信具体问题
linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数
孟浩巍: cpulimit比较老了，实际效果也不好用。 最后还是得自己写个监控脚本，我最近也在发愁这个事情。
匿名用户 在 2023-08-15 17:16 回答了问题
RNA_seq
GATK和Samtools联合寻找变异
孟浩巍: 没必要，就用一个即可。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:16 回答了问题
数据处理 Chip_Seq
SRA 数据批量下载
孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:15 回答了问题
生物信息学
在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法
孟浩巍: 你要比较的是什么？
孟浩巍 在 2023-08-15 17:15 回答了问题
转录组
如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？
孟浩巍: 需要拼转录本，最好是用三代测序，直接测出来什么就是什么。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:14 回答了问题
生信分析
Picard Markduplicate
孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:13 回答了问题
转录组 转录组差异基因表达分析
请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程
孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。 如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:12 回答了问题
数据下载
Aspera数据下载报错
孟浩巍: 主要是看看你的秘钥的权限，别的应该没啥问题。
匿名用户 在 2023-08-15 17:10 回答了问题
生信问题
juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？
孟浩巍: 这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:09 回答了问题
转录组差异基因表达分析
转录组
孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。
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