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孟浩巍在 2023-05-26 16:35 回答了问题 生信入门: 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列; 孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-26 11:33 回答了问题 GATK: GATK call snp跳过了好大一块; 孟浩巍: 可以看一下对应的基因组的位置，一般是重复区会这样。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2023-05-26 11:32 回答了问题 转录组: 原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？; 孟浩巍: 因为原核生物种类多啊！比如人，就1种生物，一般都是取1种组织然后进行测序。但是原核生物不是啊，成千上万种，所以复杂度反而更高。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-24 15:10 回答了问题 生信问题: 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢; 孟浩巍: 我感觉他这个图里的compartment括号里的数字，是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。一般call compartment的时候，resolution（或者也叫binsize）都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的，1个compar...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-24 12:45 回答了问题 生信分析: RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常; 孟浩巍: 主要是看你的建库策略，一般polyA + 的建库策略exonic比例会高； ribo - 的建库策略，intronic比例会高。这都没太大关系，只要你分析的时候，你的目标基因coverage是足够的即可。; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-23 21:38 回答了问题 问题求解: 科研/读博; 孟浩巍: 这是一个很大的问题，要展开谈，肯定又是几千字。在这里我只能说尽量，凡事都要尽量，尽自己最大的所能。我们绝大多数人还到不了拼天赋的时候。最后，就是培养自己idea落地的能力，是一个漫长的过程，但是第一步就是读文献，要阅读大量的文献。你这个领域的200篇最经典的文献先读完，再说。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-23 15:51 回答了问题 比对统计 参考基因组: 参考基因组添加外源基因序列进行比对; 孟浩巍: 这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体，就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。然后重新建index，建完index以后再重新比对。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 5 回复

孟浩巍在 2023-05-23 15:51 回答了问题 比对统计 参考基因组: 参考基因组添加外源基因序列进行比对; 孟浩巍: 这个一般是把额外的序列当一条单独的染色体，就是在你的reference genome的FASTA文件里多加几条序列。然后重新建index，建完index以后再重新比对。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

孟浩巍在 2023-05-23 15:15 回答了问题 生信入门: 老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～; 孟浩巍: 哈哈，效率要高！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2023-05-23 15:15 回答了问题 生信分析: ATAC-seq绘制TSS富集图; 孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

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