笨阿牛 初级会员

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笨阿牛 在 2018-09-18 08:42 回答了问题
sra文件解压缩
用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？
笨阿牛: 已经解决了，用的是aspera
笨阿牛 在 2018-09-17 17:53 发起了提问
sra文件解压缩
问答 用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？
liuwq: sra-tools中好像有个prefetch命令，关于完整性，我认为主要还是看文件大小。
笨阿牛 在 2018-09-14 16:00 回答了问题
R
Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation
笨阿牛: 你这个是windows呀！ 那我试着用linux的角度来解释你的问题吧。你这个在linux里面，是没有权限进行文件的移动，解决方案是选择root用户进行安装。 你的安装路径涉及到了可能影响windows系统安全的文件，所以系统需要你的管理员权限。你可以试试用管理员权限打开R软件，或者更改安装路径
笨阿牛 在 2018-09-14 15:56 回答了问题
下载
axel，wget下载数据出错的问题，没头绪
笨阿牛: 这个问题没有答案吗？ Amazing！！！ 有没有试过wget的时候，用断点继续下载的方式：wget -b -c -i [url=http://www.http://?]www.http://?[/url] 然后看一下wget.log，看你的下载是否是100%的。  
笨阿牛 在 2018-09-13 14:54 发起了提问
R数据处理
问答 请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文
xiaoyingshi: 我的想法是写一个循环  比如 df
笨阿牛 在 2018-09-13 11:43 发起了提问
linux
问答 linux条件下，如何只删除文件夹
天地本无心: 还是没有get我上一条解答。   ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do rm -fr ${folder}; done    你把每个管道里的内容操作一下就明白了。另外，如果你想按照你的想法来的话。   可以如下操作： ls -l |...
笨阿牛 在 2018-09-13 10:46 发起了提问
shell脚本批处理问题
问答 求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？
天地本无心: ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do cd ${folder}; mv * ../; cd ../; done
笨阿牛 在 2018-09-10 13:31 发起了提问
R语言分析数据
问答 x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？
参照的是bioconductor workflow里面的RNAseq123教程。   输入class(x)的结果如下： [1] "DGEList" attr(,"package") [1] "edgeR"   而x本身包括三个列表x$samples x$counts 和x$genes   [b]上一...:
笨阿牛 在 2018-09-09 21:52 回答了问题
macs2 conda
用conda 安装macs2，提示Solving environment: failed？
笨阿牛: 你好！我觉得你的应该是conda源的问题，因为我刚刚用了一下conda install macs2,已经显示安装成功。 你可以试试BBQ100里面的番外2，仔细看一下是否把所有该添加的源都添加了，这个应该是问题所在。
笨阿牛 在 2018-09-09 21:43 发起了提问
linux下R软件安装，可能一次性解决所有的问题
问答 ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？
孟浩巍: 1. yum是centos默认的包管理器，apt-get是ubuntu默认的包管理器，有1个就行，不用都安装。都安装就有点像360安全卫士和腾讯管家都安了一样。   2. 既然定位是gcc的问题，可以使用apt-get直接重新安装gcc就好！
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