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pagu 在 2018-10-08 15:20 回答了问题 GATK: 运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速; pagu: 平常使用gatk的时候没碰过这个命令，以为影响不大来着。运行报错的时候使用的gatk是哪个版本的？近期gatk更新的非常频繁，4.0往后已经有好多个小版本了，变化比较大，如果不是最新版的话可以先换成最新的版本试一下看能不能解决; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

pagu 在 2018-09-29 00:35 回答了问题 shell脚本学习: 编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢; pagu: shell里边的if控制结构，条件是用中括号 [ ] 框起来的，我改了一下可以运行： [code]num1=100 num2=200 if [ ${num1} > ${num2} ] then echo "this ${num1} is great!" else echo "thi...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

pagu 在 2018-09-27 20:49 回答了问题 问题求解 GATK: 利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事; pagu: 我在运行HyplotypeCaller的时候遇到过类似的问题，当时的问题在于： [b]bam文件中没有加样本信息[/b] 如果是DNA的测序分析数据，在使用bwa进行比对的时候可以直接用-R参数来添加这些信息软件中的说明如下：[code]-R STRComplete read group he...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

pagu 在 2018-09-14 16:07 回答了问题 perl: perl的如何进行读取和循环的; pagu: 看外观这算是个shell+perl的混合，代码不全看不太懂，完整点兴许能分析一下; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

pagu 在 2018-09-11 22:20 回答了问题 shell文件: 求助一个shell脚本问题; pagu: 在shell里边有个命令叫做 [b]xargs[/b]，处理这个问题贼好用，因为用它可以批量化的生成文本内容，和管道配合起来的话就可以很方便的写出来批量化运行的脚本。比如我在一个文件夹里边有一堆的文件夹，我想分别把它们给打包成压缩文件，每个文件夹对应一个，写这个命令的话大概是这样：[code]...; 赞同0 反对 0 人感谢 4 评论 2 回复

pagu 在 2018-09-09 23:38 回答了问题 生信问题: grep 能不能指定匹配第多少列？; pagu: cut -f 也可以指定列，然后管道去grep，效果相同; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

匿名用户在 2018-08-28 22:36 回答了问题 fastp FASTQC: 使用fastp软件对fastq文件质控的问题; pagu: [code] # global trimming options -f, --trim_front1 trimming how many bases in front for read1, default is 0 (int [=0]) -t, --tri...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

pagu 在 2018-08-27 21:56 回答了问题 生信入门: 请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了; pagu: 额……神奇的我保留了一份，看一下可以用不，理论上说应该没问题，这貌似是个二进制文件，不用安装直接使用的那种; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

pagu 在 2018-08-27 21:51 回答了问题 linux网络配置 linux Rstudio搭建: Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？; pagu: 提问的时候参考坑主的“提问正确姿势”，群公告里边应该是有的~ 这个问题需要先说清楚是什么平台，什么系统，虚拟机还是直接硬盘安装的，然后才好进行后续的回复；自己查错的话，首先得确认下自己是否能连外网，ping一下baidu试试看；确认ok的话，考虑更换下载的源，比如你这上边下载Anacon...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

pagu 在 2018-08-27 21:43 回答了问题 没事找事: 如何对新建网站进行暴力测试？; pagu: [attach]52[/attach]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 11 回复

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