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孟浩巍在 2018-08-26 21:05 回答了问题 linux网络配置: 【求助】在Ubuntu如何上网; 孟浩巍: 你先在终端ping 一下百度，具体命令 ping www.baidu.com 然后内容截个图; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

孟浩巍在 2018-08-25 15:15 回答了问题 R 多线程: 服务器上的Rstudio 怎样调用多线程并行运算; 孟浩巍: R的多线程比较麻烦，并不说所有的任务都可以用[size=14]parallel包来解决。[/size] [size=14]一般情况下，会把1个任务自己分成若干个小任务，然后去跑……[/size] [size=14]QAQ[/size]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-25 13:05 回答了问题 生信入门: 亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？; 孟浩巍: 我觉得，ChIP-Seq最标准的流程，当然是跟着ENCODE的pipeline走咯！ [url=https://www.encodeproject.org/pages/pipelines/#DNA-binding]ENCODE-ChIP-Seq处理pipeline[/url]; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 5 回复

孟浩巍在 2018-08-25 13:04 回答了问题 基因组注释: 为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？; 孟浩巍: 因为两个组织注释的方法不同啊！如果你都打开hg38，比较每一条染色体的长度和具体信息，都是完全一致的。 gene注释的话，NCBI应该是RefSeq + 部分预测， Ensembl是自己的Havana + 部分预测，方法和策略都不相同。数目的差异主要集中在lncRNA等非编码RNA的数量上。所以...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-25 13:01 回答了问题 RSutdio: 如何在Ubuntu 14.04 server版上安装Rstudio，并在网页上实现绘图功能？; 孟浩巍: 安装server版的Rstudio以后是通过网页访问和调用服务器资源的，可以直接画图，和本地几乎没有区别。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-25 13:00 回答了问题 FASTQC 软件使用: 使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC; 孟浩巍: 首先要明白什么是tile，tile是Illumina测序的时候，1条lane里面的1个小方格，而1个tile里面又有非常多的测序cluster。这个提示的意思就是说你数据里的tile太多了，人家就不给你画每一个tile的质量分布图了。仅此而已。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-24 23:15 回答了问题 电脑配置: 请教一个电脑配置的问题; 孟浩巍: 建议： 1. CPU最好是8代以后的i5或者是i7，如果是本地运行R的话，主频需要高一点，最好是3.5GHz以上； 2. 内存最少16GB； 3. 硬盘一定要SSD； 4. 系统，我个人推荐黑苹果，其次是windows，最后是裸奔Linux。以上。; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-08-24 23:09 回答了问题 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？; 孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-08-24 22:55 回答了问题 Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析: 测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？; 孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-08-24 22:50 回答了问题 Affy芯片 芯片数据分析: 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？; 孟浩巍: 1. 以官方的cdf文件为准。 2. cdf文件一般不会变，因为记录的是探针的信息。 3. 在使用Bioconductor里面的默认注释文件的时候，一定要注意和你的芯片版本保持绝对一致。 4. 表达谱芯片几乎一定存在多个probe id对应1个gene id的情况。; 赞同0 反对 0 人感谢 7 评论 2 回复

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