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孟浩巍在 2018-09-14 11:14 回答了问题 ClueGO Cytoscape miRNA_mRNA互作分析: 关于Cytoscape插件ClueGO的问题; 孟浩巍: 对于gene节点来说，如果能分配到两个GO term里，就应该是两个对应的GO term的颜色。; 赞同0 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:12 回答了问题 二代测序 count: 二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?; 孟浩巍: 修改：你这个不是count数目，是TPM，可以简单类比FPKM。一般FPKM我们要求是至少有1个case 大于1，TPM的话你也可以定一个相应的数值即可。这个数值不一定是1，可以是0.5，可以是0.1。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-12 19:56 回答了问题 甲基化 生信报错: Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）; 孟浩巍: 判断不太出来是哪里出问题了。建议使用1% ~ 10%的数据对bismark进行测试，现在的bismark都是默认bowtie2了。; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-12 09:21 回答了问题 生物信息学 lncRNA: 如何筛选小鼠lncRNA?; 孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-11 14:32 回答了问题 热图绘图 R语言: R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例; 孟浩巍: 本质上图例也是一个heatmap，我当时是使用分割画，然后再拼到一起。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-10 20:00 回答了问题 RNASeq数据处理: 想问一个RNA-Seq的流程问题; 孟浩巍: 如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。也就是咱们视频里面的内容。; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-10 19:52 回答了问题 double free: double free or corruption 怎么解决; 孟浩巍: 你这个描述得再详细一点。; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-10 11:22 回答了问题 z_score NIPT: NIPT算出了z-score后想要基于z>3的值对Z值进行校正该用什么方法; 孟浩巍: 我觉得问题没有太明确，首先我们需要理解z-score是什么，本质上z-score是原始数据减去原始数据的平均值，然后除以原始数据的样本标准差。这样变换以后，就是得到的z-score。如果数据的原始分布是正态分布或者是近似正态分布，那么z-score以后就是标准正态分布 x ~ N(0,1)...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-10 09:40 回答了问题 linux下R软件安装，可能一次性解决所有的问题: ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？; 孟浩巍: 1. yum是centos默认的包管理器，apt-get是ubuntu默认的包管理器，有1个就行，不用都安装。都安装就有点像360安全卫士和腾讯管家都安了一样。 2. 既然定位是gcc的问题，可以使用apt-get直接重新安装gcc就好！; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-10 09:38 回答了问题 新基因鉴定 转录本: stringtie和gffcompare处理转录本的问题; 孟浩巍: 如果是鉴定新的lncRNA，应该是先compare再merge吧。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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