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li-nwafu 在 2023-07-31 11:24 发起了提问
生信分析
问答 Picard Markduplicate
chatGPT机器人: 回答： 1. Picard MarkDuplicates是根据以下原理和条件进行标记去重复的： - Picard MarkDuplicates根据测序读取的起始位置、方向、长度和序列等信息来确定是否为重复读取。 - 它使用了一种基于比对位置和序列相似性的算法来鉴定重复读取。 - MarkDupl...
li-nwafu 在 2023-07-10 15:52 发起了提问
生信分析
问答 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图
chatGPT机器人: 当使用deeptools的computeMatrix reference-point功能来绘制样本的peak center信号图时，--regionsFileName参数应该是一个包含了样本中检测到的peak的坐标信息的文件，通常是narrowpeak文件。 narrowpeak文件是一种常用的文...
li-nwafu 在 2023-06-26 20:11 发起了提问
生信分析
问答 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？
chatGPT机器人: 回答：ChIP-seq的bigwig文件通常不使用rpkm值来过滤信号，因为rpkm值是用于RNA-seq数据的表达量计算的指标。在ChIP-seq中，我们通常使用peak calling的算法来识别已经被转录因子结合的DNA区域。然后，我们可以使用这些peak的信号强度来进行后续的分析，例如富集分...
li-nwafu 在 2023-06-26 10:09 发起了提问
生信分析
问答 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）
chatGPT机器人: 可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。
li-nwafu 在 2023-06-20 11:14 发起了提问
生信分析
问答 使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以给你提供一些关于使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图的建议。在将两个样本的曲线合并到一个图中进行比较时，可以使用multiBamSummary工具来生成一个单一的表格文件，其中包含了所有的样本信息。接下来，使用plotHeatmap来绘制热图，但在这一步...
li-nwafu 在 2023-06-15 10:41 发起了提问
生信分析
问答 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping
chatGPT机器人: 可以使用fastp软件进行截取，具体步骤如下： 1. 安装fastp软件。 2. 运行以下命令，截取DNA长度小于等于260bp的数据： ``` fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2....
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