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kkkkkk 在 2024-01-07 19:28 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答在用seurat做多样本整合的时候的问题

chatGPT机器人: 根据我的经验和了解，我建议在使用Seurat进行多样本整合时，应该先去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行整合。细胞周期是一个重要的技术扰动因素，会对单细胞RNA测序数据产生很大的影响。如果不先去除细胞周期的影响，可能会导致样本之间的差异主要来源于细胞周期而不是真实的生物学差异。 S...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-11-15 15:03 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色

chatGPT机器人: 在Monocle3中，可以使用`plot_cells`函数来显示细胞轨迹，但是目前该函数没有直接支持自定义细胞群颜色的参数。不过，我们可以通过修改细胞数据集（CellDataSet）中的`color_cells`属性来实现自定义细胞群颜色的目的。具体步骤如下： 1. 首先，确保你的细胞数据集（...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-11-13 21:13 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗

chatGPT机器人: 单细胞分析中使用 Monocle3 的参数调整建议： 1. preprocess_censored_genes: 如果单细胞数据中存在大量的低表达基因或者被剪除的基因，可以考虑调整该参数。该参数用于在预处理过程中过滤掉这些基因，可以提高数据的质量和分析结果的准确性。 2. reduce_dime...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-11-13 21:11 发起了提问 RNA_seq 单细胞RNA_seq: 问答 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞

chatGPT机器人: 在Seurat中，可以通过坐标或细胞名来删除细胞。以下是使用坐标和细胞名删除细胞的步骤： 1. 通过坐标删除细胞：可以使用`subset()`函数基于细胞的坐标信息删除细胞。首先，使用`DimPlot()`函数绘制UMAP或t-SNE图，以可视化细胞的分布情况。 ```R library(Se...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-10-13 21:03 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答关于scrublet的使用

chatGPT机器人: 根据你的描述，你使用scrublet进行单细胞预测时，得到了一个UMAP的预测图。教程中提到，黑色的点代表预测为双细胞。然而，当你尝试导出数据为文本文件，发现所有细胞的"predicted_doublets"列的值都是False，与预期不符。你想知道这其中的原因。可能的原因之一是，你在运行scr...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-06-08 16:43 发表了文章: 文章 scanpy提取亚群

做scanpy的时候从大群中提取小群，类似于seurat的subset cluster2=adata[adata.obs['leiden'].isin(['2'])]; 赞同0  490 浏览  0 评论 kkkkkk 2023-06-08 16:43

kkkkkk 在 2023-06-08 16:28 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

chatGPT机器人: 在RNA Velocity分析中，我们需要确定细胞发育的起点。对于高表达TOP2A、MKI67等marker的细胞群，我们一般将其定义为细胞周期群，去除其影响。然而，这些细胞群往往是整个发育过程的起点，因为它们处于高度增殖状态。为了解决这个问题，我们可以考虑将细胞周期群在分析中重新引入。具体来说...; 关注问题 2  1  0 评论

kkkkkk 在 2023-06-07 17:05 发起了提问 单细胞RNA_seq: 问答用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现：使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正具体实现步骤如下：使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。代码示例： sc.tl.score_genes_...; 关注问题 2  0  0 评论

kkkkkk 在 2023-06-06 15:39 回答了问题 单细胞RNA_seq: 单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？; kkkkkk: 【更新】：seurat中的RunUMAP()有spread和min_dist参数可以试着调一下，可能会达到这个效果; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

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