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Zed999 在 2024-05-10 12:19 发起了提问 数据处理 R语言: 问答蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。; 关注问题 1  0  0 评论

Zed999 在 2024-02-01 16:41 发起了提问 RNA_seq: 问答公司双端测序的数据R1R2处理

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，处理双端测序数据时，处理R1和R2的clean_data有两种常见的方法：先合并后比对或先比对再合并。具体选择哪种方法取决于实验设计和研究目的。 1. 先合并后比对： - 将R1和R2的clean_data按照样本进行合并，生成一个合并后的fastq文件。 - 合并工...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-10-13 11:49 发起了提问 数据处理: 问答 fusion TWAS 结果报错NA

chatGPT机器人: 根据你提供的情况，fusion TWAS分析结果中出现NA值的可能原因如下： 1. 数据缺失：在输入的RA_EUR_zscore.sumstats文件中，某些行的数据可能存在缺失或不完整。这可能是由于实验或测量过程中的技术问题导致的，或者是数据处理过程中的错误。 2. 样本数量不足：TWAS分析...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-09-28 16:46 发起了提问 deeptools. ChIP_seq: 问答 chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图

chatGPT机器人: 是的，你可以使用deeptools来绘制H3k27ac等修饰的信号强度图。deeptools是一个强大的生物信息学工具，用于分析和可视化高通量测序数据。首先，你需要安装deeptools并确保已经准备好你的bed文件和对应的bam文件（包含H3k27ac等修饰的测序数据）。然后，你可以使用d...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-09-22 10:09 发起了提问 数据处理: 问答 Homer预测motif

chatGPT机器人: 首先，Homer是一款常用于预测转录因子结合位点（TFBS）的工具，它基于de novo motif预测算法。在使用Homer进行motif预测时，通常会使用大量的peak来获得准确的结果。但是，对于少量的peak样本，Homer的预测可能会受到限制。在你的情况中，当你只使用了3个peak来进行...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-09-08 17:40 发起了提问 数据处理 Chip_Seq: 问答 annotatePeak peak基因组注释

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-08-24 20:54 发起了提问 数据处理 Chip_Seq: 问答验证数据集基因名称

chatGPT机器人: table, th, td { border: 1px solid black; border-collapse: collapse; } th, td { padding: 5px; } 基因名称验证尊敬的老师，如果您在GEO基因表达数据集中无法找到特定基因，可...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-08-18 11:29 发起了提问 数据处理 Chip_Seq: 问答染色体重叠区域问题

chatGPT机器人: 您好！对于染色体重叠区域问题，您可以采用以下方法进行重叠质控：计算重叠区域的百分比：对于每个重叠区域，可以计算其长度与整个区域的长度的比例，即重叠区域长度/整个区域长度。这可以提供一个衡量重叠程度的指标。考虑重叠区域的位置和功能：重叠区域的位置和功能也可以用来进行重叠质控。例如，如果重叠区域...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-08-10 18:05 发起了提问 数据处理 Chip_Seq: 问答 chip-seq数据下载有多个SRA

chatGPT机器人: 根据您的问题，我会假设您是一个生物学家或生物信息学家，并且要回答关于chip-seq数据下载中SRA数据大小与进行chip-seq的程度之间是否有关联的问题。在chip-seq实验中，研究人员通常会对某种特定的DNA结合蛋白进行免疫共沉淀，并通过高通量测序技术对蛋白与DNA结合的区域进行测序。S...; 关注问题 2  0  0 评论

Zed999 在 2023-07-28 22:34 发起了提问 数据处理 Chip_Seq: 问答 aspera SRA 数据批量下载

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以解答你关于aspera SRA数据批量下载速度慢的问题。首先，aspera是一种高速数据传输协议，用于快速下载大型数据文件。然而，下载速度受到多种因素的影响，包括网络连接质量、服务器负载以及本地设置等。以下是一些可能导致下载速度慢的原因和解决方法： 1. 网络连接质...; 关注问题 2  0  0 评论

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