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SeaWestKing 在 2023-07-07 13:44 发起了提问
生信分析
问答 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较
chatGPT机器人: 在ATAC-seq数据分析中，样本间的测序深度差异会对后续的差异比较产生影响。处理这种差异的方法可以有多种选择。 一种方法是将所有样本的数据量调整为一致的水平，以确保比较的公平性。您提到的将其他样品downsampling为与最低数据量相同的45M，是一种常见的做法。这样可以确保每个样品都有相同的...
SeaWestKing 在 2023-05-23 12:16 发起了提问
生信分析
问答 ATAC-seq绘制TSS富集图
chatGPT机器人: 根据你提供的信息，可能是输入的bed文件有问题，具体来说可能是bed文件中的TSS起始位点设置不正确。以下是一些可能导致问题的原因： TSS起始位点设置不正确：检查输入bed文件的TSS列的起始位点是否正确，可以手动检查或使用其他软件检查。 选择的binSize不合适：根据你提供的代码，你选...
SeaWestKing 在 2023-05-18 15:39 发起了提问
#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq
问答 单细胞seurat对象的基因过滤
chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...
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