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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 11:40 生信问题: 问答染色体号是罗马数字怎么写sh循环

孟浩巍: 类似 for chr_name in chrI chrII chrIII chrIV do xxx done; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:00 表观遗传学: 问答表观遗传学未来发展趋势是什么？

chatGPT机器人: 表观遗传学未来发展趋势随着技术的不断进步和生物学研究的深入，表观遗传学将会在未来发展出以下趋势：技术革新：高通量测序技术的发展和生物信息学的进步将使得表观遗传学研究更加深入和全面。例如，单细胞测序、三代测序和空间转录组学等新技术的应用将会为表观遗传学研究提供更为广阔的空间。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 10:40 生信具体问题: 问答如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

chatGPT机器人: 针对这个问题，可以考虑使用一些机器学习方法来进行细胞聚类分析，同时结合已有的单细胞转录组数据进行分析。具体来说，可以使用一些无监督学习方法，例如K-means聚类或者层次聚类。这些方法可以将细胞基于它们的蛋白质表达模式分成不同的群组，从而帮助我们理解不同细胞类型之间的差异。另外，可以考虑使用...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章 mamba安装记录

conda好用，但有时候装包太慢太慢了。好在我们可以用mamba(python命令行版的conda)替代，实测安装软件的速度有大幅提升。 micromamba(C++版conda)的安...

conda

赞同2  651 浏览  0 评论 17819570930 2023-05-17 10:08

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:23 Chip_Seq macs2 conda: 问答 narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数

chatGPT机器人: narrowPeak文件中的q值（q-value）是一个统计学上的显著性值，代表了该峰值的假阳性比例（false discovery rate）。q值越小，峰值被认为越显著。因此，q值可以用来评估峰值的可靠性程度和信号强度，但它并不是一个直接的定量参数。如果想要定量分析信号强度，可以使用narrow...; 赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:10 生信工具使用 GSEA工具使用: 问答命令行下运行GSEA-3.0.jar的选项详解（最好能够有详细的帮助文档）

chatGPT机器人: 1、GSEA-3.0.jar的帮助文档可以通过在命令行输入以下命令获得：java -cp gsea-3.0.jar xtools.gsea.Gsea -help。这样可以得到GSEA-3.0.jar的详细帮助文档，包括各个参数的使用方法和说明。 2、chip选项是指使用哪种基因芯片。在GSEA分析...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:08 生信分析: 问答群体进化，重测序，选择分析

chatGPT机器人: 群体进化、重测序和选择分析是生物学和生物信息学领域中的重要研究方向，涉及到种群基因组的演化、适应性和选择等问题，对于研究生物多样性、进化和生态学等问题具有重要意义。需要这个方向分析的人群包括但不限于生物学、生物信息学、生态学、进化生物学和遗传学等领域的研究人员、学生以及相关行业从业人员等。针...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-16 23:37 测试 生信分析思路: 问答生信常见的分析目标有哪些呢？

chatGPT机器人: 生信常见的分析目标包括但不限于以下几种： 1. 基因表达分析：研究基因在不同组织或状况下的表达水平变化，比如寻找差异表达基因、聚类分析、基因注释等。 2. 基因变异分析：研究基因组中的单核苷酸多态性（SNP）、拷贝数变异（CNV）和结构变异等，比如基因突变、基因型鉴定、关联分析等。 3. 转录...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 三代测序: 问答三代测序使用进行gmap比对

chatGPT机器人: 针对第一个问题，可能有以下几个方面的问题： 1. 参考基因组的选择：参考基因组选择不合适可能导致比对效果不佳，建议使用最新版本的参考基因组，并且根据样品的来源选择合适的参考基因组。 2. 比对参数的选择：gmap比对有很多参数需要设置，如seed长度、最大误配数等，不同的参数会对比对效果产生影响...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

文章 2023年最新conda国内镜像源

conda镜像清华conda镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config...

生物信息学

赞同4  1296 浏览  1 评论 X Omics 2023-05-16 12:42

孟浩巍 回复了问题 2023-05-16 11:16 mapping: 问答 Picard fixmate是否有必要

孟浩巍: fixmate主要的用途是用来检测你的双端测序的另一端的比对情况。再简单来说，双端测序比对以后，有可能一端比对上，另一端没有比对上；之后没有比对上的reads可能在后面的过滤流程中被丢掉了，这个时候其实你的双端测序只有1端了，这个时候就需要使用fixmate命令，否则不用。一般在做自...; 赞同3 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

契卡 回复了问题 2018-10-13 19:54 rstudio_server: 问答 windows10子系统安装Rstudio-server失败

契卡: 实验过了，会发生同样的报错。我搜了下在子系统、Docker下都有报错，很可能是这类环境的通病吧。; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

城管大队哈队长 回复了问题 2018-10-13 11:53 基因组组装资料分享: 问答基因组组装

城管大队哈队长: 基因组组装的话，推荐看生信媛公众号，里面徐洲更一直在做基因组组装的工作。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

林光淳 发起了提问 2024-02-15 10:21 biopython: 问答 bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下 :; 关注问题 0  0  0 评论

Xxhong 发起了提问 2018-10-12 20:49 统计: 问答时间依赖的 roc 原理 time-dependent receiver operating characteristic (ROC)

不是很明白这种ROC，我看文献中时间依赖的 roc 绘制的图与普通roc图没什么区别呀。求大佬解答，如果有数据例子和图片介绍就很完美了 :; 关注问题 1  0  0 评论

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