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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20 转录组: 问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19 数据处理 单细胞RNA_seq: 问答如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:18 RNASeq数据处理: 问答 RNA-seq count值和fpkm值不对应

孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。这个是有可能的。主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16 RNA_seq: 问答 GATK和Samtools联合寻找变异

孟浩巍: 没必要，就用一个即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16 数据处理 Chip_Seq: 问答 SRA 数据批量下载

孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15 生物信息学: 问答在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法

孟浩巍: 你要比较的是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15 转录组: 问答如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

孟浩巍: 需要拼转录本，最好是用三代测序，直接测出来什么就是什么。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:14 生信分析: 问答 Picard Markduplicate

孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:12 数据下载: 问答 Aspera数据下载报错

孟浩巍: 主要是看看你的秘钥的权限，别的应该没啥问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:10 生信问题: 问答 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？

孟浩巍: 这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:09 转录组差异基因表达分析: 问答转录组

孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:07 编程语言: 问答 linux bash编程debug

孟浩巍: 这种为啥非得用shell难为自己，直接用python或者R不好么……; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:06 R语言: 问答转录组

孟浩巍: 具体你想说的差异是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05 数据处理 Chip_Seq: 问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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