Chip_Seq

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chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28
数据处理 Chip_Seq
问答 ROSE算法寻找SEs
chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:36
Chip_Seq
问答 bivalent domains 如何计算
孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。 比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker； 然后如果这两个同时存在，就...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27
Chip_Seq 软件安装 perl motif分析
问答 MEME motif analysis 软件的安装
孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:56
数据处理 Chip_Seq
问答 Chip-seq bam文件的处理
孟浩巍: 现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38
Chip_Seq deeptools. ChIP_seq
问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？
孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:23
Chip_Seq macs2 conda
问答 narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数
chatGPT机器人: narrowPeak文件中的q值（q-value）是一个统计学上的显著性值，代表了该峰值的假阳性比例（false discovery rate）。q值越小，峰值被认为越显著。因此，q值可以用来评估峰值的可靠性程度和信号强度，但它并不是一个直接的定量参数。如果想要定量分析信号强度，可以使用narrow...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-08-30 16:52
Chip_Seq
问答 老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。
孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；  
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